慈云寺始建于东汉永平七年(公元64年)，是由天竺高僧摄摩腾，竺法兰亲创建的民间第一寺院，素手有“释源”“祖庭”“中华第一寺”之誉。寺院占地面积约60亩，在近两千年的历史中，曾有十余次大规模重修。现在的慈云寺，是在明朝寺院的原址修复和重建，完整保留了当时的建筑格局。
这里四山旁围、一水中流、峰峦联亘、林木掩映、环境十分幽静，是休闲度假的理想境地。慈云寺始建于汉代，是巩义第一丛林。据寺内碑载：“东汉明帝永平七年（公元64年），有僧摩腾，竺法兰始建白马寺于洛阳城西，既而云游其山，因其山月之秀，遂开慈云禅寺”。所以称慈云，是说佛之慈心广大如云，荫庇整个世界。
慈云寺历经沧桑，或兴或废，一直延续至今，它经受了两千多年的风风雨雨，成了令人遐思的古寺。唐贞观元年至三年（公元627—629年），唐僧唐三藏玄奘奉敕重修此寺。宋代香火仍然很盛。到了元代，由于战乱和灾荒，曾—度荒废。从明正统九年（公元1444年）开始，直到清同治五年（公元1866年），历代都有修葺。极盛时期殿堂栉比，金碧辉煌，僧五六百人，香客如云，纷至沓来。本其形胜之雄，兼之制度之美，即元公之庐山，达摩之少林，无喻此地。
古老的慈云寺，经历了两千多年的岁月沧桑，清末以后逐渐走下坡路。慈云寺现存的碑刻，无论就其艺术价值和历史价值，都可以当作珍贵的旅游资源；加以保护。有一通明碑上刻有“青龙山慈云寺五十三峰呈现境图”，四周群峰，万壑争流，摩腾、竺法兰遥立青龙峰颠。飘飘欲仙，慈云寺平面图线刻在碑的中间，给我们留下了珍贵的历史资料。
这要从中国佛教发展史谈起，自公元前五世纪东亚产生孔子、老子、释迦牟尼三位大思想家之后，儒、道、佛教就逐渐产生，在政权的作用下，儒、佛率先步出国境，而道教也相继发展，并互相影响。据资料记载，佛教已于公元前一世纪（西汉末年）传入中国，只不过是民间形式罢了。正式由官方接持，大约以汉明帝时为最早。最旱受到皇帝礼遇的就是白马寺与慈云寺的奠基者摄摩腾与竺法兰。
古中印度僧人摄摩腾、竺法兰最初在洛阳（今偃师境内汉魏洛阳城翻译《四十二章经》，这已无庸置疑，但“白马寺是中国最早的寺院”就有待商榷了。
首先从年代上讲，二高僧来到洛阳，住的是国家接待外国宾客的官邸鸿胪寺，并非伽蓝，更非白马寺。因为当时中国尚没有寺院。“寺”还是官府机构的名字。为使僧人专心翻译经卷，宫府后来为二僧修了“精舍”，一望而知，“精舍”之意也与“伽蓝”相去甚远。“白马寺”是为了纪念二僧在此处译经，后来才由“封建国家创立的第一座官方寺院”（《洛阳志》第十五卷七页）。据东魏（534-550年）杨炫之《洛阳伽蓝记》卷一载：“初创的寺位于雍门外，或因其建筑式样和梵文音译而称“塔寺”，或因其教而称“佛寺”，并无白马寺之名称。据考证，大约在西晋时。才有白马寺之名”（参看《洛阳志》十五卷第二节：寺院创立）。而位于汉代洛阳（今偃师境内）东不远处的慈云寺，则是“汉、唐、宋、元敕建重修”“古刹慈云寺号释源……法竺兰、摩腾、三藏宣。后显大唐并宋帝，重修至正、至元年，大明建立如来殿。”（见景泰元年三月，慈云寺住持僧觉顺撰《重修青龙山慈云寺》碑）。
其它古碑也多有记载，如“汉明帝永平七年有僧摩腾、竺法兰……云游此山，因其山川之秀。遂开慈云禅寺，故其山满月之形，水曲银河之派……有祖师（指二僧）降蛛之处，二老（指摩、竺）谈经之所……至于唐三藏法师，奉敕重修庄严宝地，自兹以往，或兴或废修置不一……少林同祖，白马同乡”（见天顺四年。赐进士第中顺大夫河南知府，汉中虞廷玺撰，朝议大夫、广东左参议、洛阳杨铭书之《重修青龙山慈云禅寺碑》铭。）青龙山间有古刹名曰慈云大寺“（见大明正德三年《重修青龙山慈云禅寺记》），可见慈云寺建寺开始即以“慈云”为名，比“白马”寺之名字早二百余年。
近代著名学者梁启超先生通观中国历史，说过这样的话：“中国智能线和外国智能线相接触，晋唐间的佛学为第一次，明末的历算学便是第二次。”佛教进入中国以后，经过潜移默化、融通汇合。已经成为中国式的宗教，且门派众多，各具特色，对华厦传统文化艺术以至政治、哲学、伦理、建筑、雕塑、文学、音乐、绘画等都产生过很大影响，它留下的建筑、雕塑、文学、绘画等是中华民族艺术宝库中的重要一部分。据国务院公布。我国各种宗教一亿信徒中，佛教占据比例相当大。仅职业从教僧尼就有二十万人之多。居于首位。佛教在增进国家友好往来。促进中外文化交流以及旅游事业等方面仍发挥著作用。因面；探讨佛教发展史无疑是中国历史的重要组成部分，是一项有益国家有益社会的项目之一。慈云寺是中国最早的寺院之一。源远流长，资料丰富；因而探索它的历史。就有着更深层的意义。
