1950年8月召开的第一届全国卫生会议，确定“面向工农兵”“预防为主”“团结中西医”为新中国卫生工作三大原则。毛泽东为这次会议题词：“团结新老中西各部分医药卫生工作人员，组成巩固的统一战线，为开展伟大的人民卫生工作而奋斗！”

1951年4月，卫生部召开全国防疫专业会议，制定了鼠疫、霍乱、天花等19种传染病的防治方案和《法定传染病管理条例（草案）》以及若干防疫工作的具体办法。9月9日，毛泽东亲自起草《中共中央关于加强卫生防疫和医疗工作的指示》，提出“把卫生、防疫和一般医疗工作看作一项重大的政治任务”。这是新中国成立后毛泽东对卫生工作亲自拟稿批转的第一个文件。

1952年春，华北一些地方相继发生流行性感冒、麻疹、猩红热、白喉等疫病并出现蔓延势头，毛泽东收到疫情报告后立即批示：“有疫者治疫，无疫者防疫。”1952年3月，政务院决定重新组建中央防疫委员会（12月更名为中央爱国卫生运动委员会）。同年6月10日，毛泽东为中华全国体育总会成立大会题词：“发展体育运动，增强人民体质。”这既是我国体育工作的指导方针，也成为落实“预防为主”的重要措施。12月，第二届全国卫生会议召开。毛泽东又为大会题词：“动员起来，讲究卫生，减少疾病，提高健康水平，粉碎敌人的细菌战争。”

1955年12月，毛泽东在为中央起草的通知中，给爱国卫生运动和卫生工作提出了除“四害”和消灭疾病的任务。1956年1月，他又把除“四害”及努力消灭危害人民最严重的疾病列入《一九五六年到一九六七年全国农业发展纲要（草案）》。后来，他在修改《一九五六年到一九六七年全国农业发展纲要（草案）》时写道：“除四害的根本精神，是清洁卫生，人人振奋，移风易俗，改造国家。”10月13日，他在最高国务会议上再次指出：“除四害是一个大的清洁卫生运动，是一个破除迷信的运动。”

毛泽东对关系人民群众生命和健康的卫生防疫事业极为关注，提出和制定了一系列关于卫生防疫事业的重要方针，为新中国卫生防疫事业的发展奠定了坚实基础。