曹先生见成效初显，即深入各乡镇考察校务，奖励成绩显著者。原拟在现有状况下研究革新，以谋进一步发展。但在调查考察中，发现广大农民贫病交加，疫病猖獗，到处可见患病农民，无钱医治，坐而待毙。此情此景，惨不忍睹，遂立志学医医民，救患民于水火之中。翌年夏，毅然辞职南下，考入江苏省立苏州医科学校（1927年并入国立中央大学）习医。在校四年，起早贪黑，孜孜不倦，刻苦认真，不敢有丝毫懈怠，各科皆学，尤偏重钻研眼科。因苏北地属黄淮平原，黄土漫漫，秋冬之际，季风不断，沙尘飞扬，双目难睁，百姓因此多患有结膜炎，轻者迎风流泪，重者眼睑溃疡（俗称烂红眼），甚至能致毁容。曹先生早已留心，现乘此学习良机，千方百计掌握有效防治方法，以待解决乡民疾苦。由此可见曹先生对广大乡民关爱之深切。

      曹先生就读苏州医校时，正当盛年，正直果断，明辨是非，遇有不平，直言争辩，故深得师友敬重。同学间偶有争执，每请其出面调解，只须片刻功夫，双方即能迅速和解。1924年秋，曹先生升读四年级，逾一年即将毕业，这时二三年级学生因校长周威（蔡元培之内弟）举措失当，激起学生风潮，四年级学生虽都有感，但毕业在即，无暇顾及，置身事外。周威仗有后台，恣意专横，突然将为首诸学生予以开除，顿使群情激愤，集合研商对策，大家一致认为四年级学长曹济生风度端庄，辞令雅顺，极富正义感，且临事不乱，考虑周密，其应对能力和道德勇气，均属优异。于是公推曹济生赴省陈明事实，剖析是非。江苏省教育厅长蒋维乔和省议员等听过曹济生介绍，亦认为校长周威处理不当，这时社会舆论亦大张挞伐，同声申讨。在厅长等人过问下，周威慑于众怒，收回成命并自动辞职。事平之后，全校师生欢呼雷动，对曹济生的才干非常赞颂。但曹先生当众宣称：“学校这次风潮，纯属全体师生之不幸。本人参与奔走，旨在维护同学前途及本校未来之发展。今虽侥幸真理大明，正义得申，但应引以为戒，切不可沾沾自喜；我们在学医，志在救人生命，责任重大，不容轻忽。否则，沦为庸医，误人性命，罪莫大焉！深望诸君谨记国家、百姓及家庭所赋予我们的使命，从此专心学习，不辜负各界之期望。”听者为之动容。对其所言所行深表感激，誓为学习之楷模。

     1925年夏，曹济生先生于苏州医科学校毕业，立即被淮阴仁慈医院第二任院长林嘉美所聘。

    林嘉美和其兄林嘉善在仁慈医院创设之初，即欲聘一华籍医师为助理，因种种原因，未能如愿。现曹济生医生应邀入院服务，林嘉美和钟爱华深感如鱼得水，庆幸人选得当。钟爱华与曹济生医生年龄相仿（钟年长一岁），相见恨晚，对其才华超卓，识见宏远，至为钦佩。此后林嘉美、钟爱华、曹济生三人同心同德，精诚相与，院务日益鼎盛，先后增聘美籍盖赛尔，华籍钱、吴、谷、刘、候等医师进院服务，医疗阵容逐渐壮大，医疗设施逐渐增多。1935年钟爱华接任院长后，曹、钟共同经营院务，扩充病房，增加床位，曹的功绩日显，深得钟院长的信任和敬重。这时的仁慈医院呈鼎盛时期，成为当时中国最大的医院和世界上最大的教会医院之一。

      曹济生医生良好的医德医术，救人无数，贡献之巨，德泽之广，非仅苏北人士耳闻目见，有口皆碑，即美籍同仁，亦赞誉不绝。日寇侵华后，战乱频繁，而医院美籍医生每于危难之际，辄返美躲避，所遗一切皆委由曹医生全权代理。曹医生不负重望，以仁慈医院为苏北老百姓生命所系，一面竭尽所能多方应付艰难形势，确保医院安全；一面协同本国医护人员，继续维持医务工作正常进行，不让广大求医患者受时局恶化之影响。

    曹医生入仁慈医院服务时，正值军阀混战，直奉战争在苏北在淮阴境内进行，战事直抵仁慈医院后面（北边）一箭之地，弹如飞蝗，情势危急，市民惊恐万分，一片混乱。但曹医生镇静自若，率全院医护人员，救治伤患，秩序井然，不久直军击溃奉军，方得转危为安。

      当中原各省军阀混战之际，南方国民革命军誓师北伐，1927年3月攻占南京，不幸有坏人存心制造事端，破坏革命大业，袭击外国留华机构、学校及外侨住宅，致引起泊于江面之外舰炮击，造成军民死伤二千余人。于是仁慈医院美籍人员，依照驻华美领事馆劝告，撤往青岛，院务委托曹医生主持，直至1928年底，革命军统一华北，秩序大定，林、钟等美籍人员一同返淮。当其发现离开一年九个月期间，医院在曹医生维护之下，不但一切依旧，而医务工作及财务管理均井井有条，丝毫不苟，对曹医生之才能与德行，更加由衷敬佩。钟爱华晚年在美国所写回忆录中记述：“曹医师受各方崇敬，革命党人对他也很尊重。他与钱医师同为医院的骨干，他们处理医院财务一丝不苟，与其他医院外籍医师撤离后的零乱情形，迥不相同。在中国这许多医院中，我难相信找到像他们一样完备无缺的人！”钟氏所述，确属肺腑之言，非为溢美。

      1928年6月，国民革命军取得胜利，之后经济繁荣，百业发展，民殷物阜，家给户足，处处呈现蓬勃景象。适于此时，苏北各县流行起“黑热病”（俗称痞块病）。患者均为青少年及幼儿，初罹者食欲不振，消化不良，身体渐瘦；继而面目泛黄，间歇发热，左腹膨胀；晚期则身无血色，头晕目眩而死。该病原为热带传染病，病原体系血液寄生虫，感染后侵入人体脾脏，先破坏其调节脂肪、蛋白质及含水碳素之新陈代谢作用，再使其内分泌失调，妨碍促进骨髓造血功能。1927年前，苏北尚未发现此病例，及至流行，患者日增，纷纷前来仁慈医院求诊。曹医生研究疗法，引进德国药厂最新生产之锑剂，为病人注射后，疗效极佳。于是远近患者闻风而来。据1929年仁慈医院医务统计，该年3至6月，短短三个月期间，黑热病门诊患者计13545人，住院患者计736人，创全国各医院未有之记录。曹医生主持医疗，接触病人，废寝忘食，辛劳之状难以备述，使该病于1939年全面遏止。几乎所有病愈之家，焚香秉烛拜谢。

      曹济生医生为人治病，按惯例均先检查询问致病原因，而后才审慎开出处方，医治结束，必定好言安慰，嘱其按时服药，安心休养；若由个人不当行为致病者，则直言相告，甚至批评，纵使难堪，亦不留情面。因此，四乡八集奸盗邪淫之徒，城狐社鼠之辈，惧怕曹医生正直，不敢前来求医。有一大盗，被执行枪毙未死，其父夜间推往仁慈医院求医，曹医生见其头部被创甚重，问道：“怎么头被枪打着了？”其父具实以告，曹医生勃然怒道：“原来他不是好人，死也应该，还带来做什么？回去，回去，我不愿救他。”其父再三恳求，曹医生才为其治疗。不久，大盗苏醒，连声称谢。曹医生说：“你这个东西，不做好事，被抓到枪毙，死不足惜，所幸祖宗积德，子弹偏到耳根，没死，刚才我本不想救你，看你父亲哀求可怜，才给你医治，我看把你救活了，还是要去当土匪害人，不如一针打死算了。”大盗见曹医生震怒，惶恐告饶，立誓改邪归正，决不再当土匪。曹医生闻之稍喜，安慰道：“好，好！你放心，我一定把你治好。”之后大盗伤愈出院，果然改过自新，未再为非作歹。

      有一六岁男童，尾椎骨突出数节，长满褐色毛发，形如动物尾巴，乡人谓系狐狸投胎，视为妖孽，于是邻里儿童追逐取笑，父母愁闷不解，特携童访曹医生求治。经曹医生诊断系尾椎骨增生，可予切除。而其他医生则认为系脊椎之延长，如切除，阻断了神经，则会引起双下肢瘫痪，大小便失禁。曹医生再行详细检查，确认无妨，乃行手术割除，伤愈后，一切正常。出院时，曹医生高兴地对其父母说：“你们的儿子，我最清楚，他不是狐狸投胎，倒像是龙王转世，你们要好好养啊！”该童双亲高兴极了，返乡即遍告亲戚邻里，于是乡人认为是奇童，不再歧视。由此可见曹医生行医，劝人行善，更爱护病人，品行高尚，医术精湛。

      1937年7月，中日战事爆发，初期国民党部队失利，同年12月13日，南京沦陷，国民党省政府由镇江迁来淮阴，淮阴遂为江北抗日军政指挥中心。时日军凶焰炽盛，战火迅即北延至淮，在历次大小战役中，国民党部队士兵，伤亡惨重，所有重伤官兵，均送抵仁慈医院救治，以致全院医护人员在曹医生领导下，日夜奔忙，几至不眠不休。

      1939年3月1日日寇侵占淮阴。当日军逼近淮阴，钱景山、吴博泉、谷懿之及候姓、刘姓诸医师与曹医生商议，拟暂避归乡里，免遭杀戮。而钟爱华院长及曹医生等均系医院骨干。若离去，则医院难以支撑，考虑美日邦交犹存，日军应不致对美方教会事业过分苛扰，力恳留任，而曹医生等目睹满院伤兵，伤残累累，哀号不已，于心不忍，乃相约不计生死，继续留院抢救伤员。日军入城后，钟院长与之周旋。日军待美籍医生尚属礼遇，对于华籍医护人员，则时图加害。幸赖曹医生协助钟院长千方百计维护，得免凌虐。其时，负伤官兵住院者，未来得及撤离，加上国民党省政府人员亦因战情紧迫，不得不隐匿身份，伪装病人，暂入仁慈医院避难，皆由曹医生想方设法竭力掩护，才免遭危害。在日军入城之始，曹医生即率同医护人员搜集住院官兵之军服及证物，或烧毁或收藏，所有病历除患者姓名外，职业、籍贯、病因等项目，均予更改，并分别告之随机应变的方法。过了几天，日军果然根据汉奸密报，派宪兵及军医来院稽查，原欲将枪伤者一律视为战伤，带出屠杀，气势汹汹，全院惊惧。经曹医生出面交涉，力辩院中伤患病人，均属无辜平民，基于人道文明及国际惯例，不应更遭残杀。紧接着日军搜查证物及检阅病历，皆未发现任何凭据，才悻悻率队离开。事后伤患官兵对曹医生考虑周到，多方掩护，均感激涕零；而曹医生则抚慰有加，勉其静养。待伤愈出院，感谢曹医生恩同再造，曹医生则表扬其为忠义之士，勉励他们继续为国效劳。有川资不足者，慨予赠助。受庇护者对曹医生感恩戴德，当衔环结草以报。

      抗战前夕，淮阴县渔沟人、我革命志士吴觉同志，被逮捕进入苏州“感化院”，不久由时任国民党苏州县政府禁烟科科长张国权具保，出了感化院。在营救找人保释过程中，曹济生医生不怕危险，辗转找人出力，终使吴觉于1937年7月初被保释出来。吴觉随即积极开展了抗日救亡活动。

      1940年，美国三度连任总统罗斯福，开始积极支助中国抗战，美日关系恶化。美籍林嘉美等人为预筹应变，决定组织仁慈医院保管委员会，推曹济生为该会主任委员。1941年春，所有美籍人士返美，由曹济生主持院务。12月7日，美日正式宣战，美方在华事业，悉受摧残，仁慈医院向为日军与伪组织所猜疑，至是更受扰害，对曹济生尤多胁迫。而曹医生信心坚定，遇事据理力争，不为势屈。当时有日军士兵作战负伤，由钱景山医师施行手术治疗，因弹中要害，不久死亡。日本宪兵队竟诬说钱医师心存反日，蓄意谋害，将其逮解宪兵队拷问侦办，准备枪杀。时全院人心惶惶，不知所措。当此危急之际，曹医生奋不顾身，独自前往日本宪兵队面见队长，曹医生不懂日语，但知日人识汉字，遂以笔谈方式说明来意，解释日士兵伤情及医疗措施得当，力证该士兵之死非钱景山医师医疗错误，谋害之说纯属无稽，并愿以全家性命，保释钱医师。该宪兵队长见曹医生理直气壮，反倒肃然起敬，遂允由曹医生具保，将钱医师释放。当曹医生前往日宪兵队时，全院上下以为先生自投敌营，与兽性日军理论，深恐触其愤怒，有生命不测之虞，都为之担心不已，及至见曹钱二人一同安全归来，人人欢欣若狂，额首称庆。由此，曹先生之道义精神与临危不惧之大无畏勇气，传遍淮阴及周边。