河源之得名，与河源是三河之源有关。唐朝李吉甫《元和郡县志》载：“河源，本汉龙川县之地，齐于此置河源县，以县东、北三百里有三河之源，故名也。”
哪三河之源？一般认为是连平河、忠信河、新丰河。宋朝王象之《舆地纪胜》载：“新丰江在河源县北，湍碛险峻，通灌田一千一百二十顷，流五百五十里入县界，号新丰江。”
河源战国时属楚，秦、汉、三国、晋时期均属古龙川县地，归南海郡管辖。南朝齐永明元年（483），析龙川地置河源、新丰二县，仍属南海郡。初建县的河源，疆域甚大，包括今和平、连平、新丰、龙门、博罗等县部分或大部分地区，河源东北境内，有连绵九县的九连山脉，水资源极为丰富。新丰、连平、忠信诸水汇成新丰江，其东、北之境为河源之水源地。
连平河又称连平水，发源于连平元善镇黄牛石山麓，往西南流经元善、溪山、隆街，至隆街镇塘河口汇入新丰江。连平河全长71公里，大小支流18条，流经连平县城。
忠信河源于和平县热水镇白叶嶂，南流经忠信镇，于东源县良田坝注入船塘河，忠信河长65公里，流域面积622平方公里。
新丰江是珠江水系东江的一条支流，在广东省中部，发源于新丰县小正镇七星岭亚婆石，流经新丰县、连平县、东源县，于河源市区汇入东江，全长163公里，集水面积为5813平方公里；因源出新丰县得名。
另外，《旧唐书》卷四十一《岭南道》中记载：“河源，隋县。循江，一名河源水，自虔州粤都县流入。”河源地名的由来，或亦与此有关。河源水，古时又称循江、湟水、龙江，即今东江。东江流域面积3.53万平方公里，其中约90%即3.18万平方公里在广东境内，而河源境内的东江流域面积达1.37万平方公里，约占全市面积的87.3%。
建县之初，县治在上城。虽然隶属的州郡府时有变化，但上城成为将近1000年历史的政治、经济与文化中心。
宋代以前，河源的城是垒土而成的，城很矮，普通人都可腾跃而上。护城河并无水源。有司曾从红朱门筑壆开堑，东起高风坑，西至佛迹潭，以排闸蓄水。没有水源的河易枯竭，何姓左丞凿了今双下坝的巨石引了一道渠，但渠流不长，且浅，易堵塞，不用拉起裤管就能过。这样的城形同虚设，强盗不时来河源城里打家劫舍。贼寇们走了，“遗民”依槎水而居，是为三郭——上、中、下三郭，因以为县。现在的上角、下角，即原来的上郭、下郭。郭，外城之墙，造郭以守民。
到了元末改朝换代之时，大军往来，刀光剑影，血肉横飞，上城的城墙塌了，房子也烧了。元至元二十五年（1288），河源有乱军首领李满林率兵据城作乱，东莞人何真率义兵前来将其平定。明洪武元年（1368），本地土豪曹文昌、黄彬，汲州土豪廖仁等聚众作乱，自称元帅，被征南将军廖永忠剿灭。
从战乱中恢复喘息的河源人，开始战后建设。天下初定，到处仍有贼寇，也需要筑城防寇。但是，城墙并不是那么容易修的，没有完好、坚固、高大的城墙保护，强盗跑到上城来抢劫，人们的生命财产受到了威胁。
明洪武二年（1369），县丞钟镒于中、下郭间滨江地建筑下城，以避盗扰，以上城为河源守御军堡。洪武二十八年（1395），守御千户高闻、百户曹贵始建下城城墙，墙高1丈2尺。
那时，河源县的县治，开始迁往下城，徙建于城西寿春寺。
为避盗扰而建的下城，历经了几次维护、增高。明弘治五年（1492），签事袁庆祥认为城墙太矮，核准县城城墙增高3尺，为1丈5尺，城周450丈，北、东、南为门，上有炮楼，池深7尺。明嘉靖三十三年（1554），有盗贼潜入县库，签事尤瑛复修城高3尺，计城墙高1丈8尺。
自元末至明隆庆年间的200多年里，上城已成荒山野岭，蒿莱遍地，鸟兽横行，人迹罕至，肥一点的地都被人开垦造田，瘦地成了乱葬岗。
下城地低，每有大雨、暴雨，就汪洋如海，城中庐舍被淹，水患频繁，百姓生产生活受到严重影响。明成化年间，河源同知黄冕在一次洪水后写了一篇文章，大意是：槎江平时看起来那么温顺而浅，似乎一苇可航，谁知道久雨积涝之后，竟然惊现汹涌巨浪，河源城与低地几乎遭灭顶，只看得到周边嵯峨的山，“东埔废春耕，黉宫息弦歌”。
黄冕之后，明嘉靖年间惠州知府李玘，到河源视察后写了首五律诗慨叹道：“晓发河源县，阴云白半城。遥看楠树色，忽听鹧鸪声。地下常忧水，山穷易弄兵。割符深帝念，渤海亦儒生。”第三联“地下常忧水，山穷易弄兵”，点出河源城面临的两大忧患。
明隆庆五年（1571）初夏，下城遭遇大洪水。五月初一，一日一夜的时间，河水暴涨3丈。人们本该使用舟楫逃离洪水，可是祸不单行，明代特有的“狼兵”（起源于明朝中期，是当时壮族土司组建的地方武装）抢船，人们之前以防船被“狼兵”抢走，就把船藏得远远的，于是在发洪水时，人们就没办法用船了，有100多人死于这场洪水，城中有姓邝和姓曹两个家庭家破人亡。洪水退后，城里发生瘟疫，又死了100多人。
河源县令林大黼向惠州府报告后，领了400石米赈灾。县里有存粮大户的，林大黼让他们用平时的价格，将米粮卖给灾民。这样，很多灾民都吃上了饭。
下城不安全，地势低，时不时就遭水灾，这让人怎么生活？能不能有一个地势稍微高一点的地方可以居住？为使百姓不屡遭洪水之苦，居家有所，必须从长计议，以求一劳永逸。
很多人想起了那个废弃了200多年的上城，包括“槎城之魁”李焘的父亲李学颜。
李学颜与教官莫文泰、瑶官谢成学、监生邝京寿、长老邱凤等为首倡，向县令建议迁城，得到180余人的积极响应。人心齐，泰山移。林大黼见如此，又向惠州府报告，申请迁徙县治，获批。兵备副使王化考察200年前的旧城基后，带着邑人斩荆棘、驱野兽，又占卜风水，建治于上城西隅，“枕桂山以抱两江，以下城为案”，但百姓一直没搬进去住。因为人们灾后非常穷困，一时不能迁居，而且又有所恃，都拖延着没搬。
明万历十年（1582），河源城又发大水。这次水灾比11年前的大洪水危害更烈，蓝溪、义合的山洪汹涌，甚至使一座山都移动了30余丈，溪谷填塞，良田千余顷被淹，上、中、下三郭泡在水里的房屋，不下千间。
此时，分守岭东道的胡时化听说河源遭受特大水灾，过来视察，看见人们生活困苦，心下恻然，上报总督两广军务兼广东巡抚陈瑞，陈瑞给饷200金赈灾，让河源县令汤民仰率民众赶紧迁入新城上城。李学颜因之前“石狮李屋”已基本建好，年底时率先迁入上城。其他民众见到邑绅带头，也都跟着一块迁入新城。之前不愿迁入的民众，经过大洪水后，后悔当初未早做打算，于是纷纷在上城建房。
经过半年的完善后，历时12年断断续续的建设，历经几任县令，上城建城终于完工。1583年1月29日，春节刚过，县衙正式迁入上城。随后，民众陆陆续续迁入。
那天，李焘站在上城东门城楼上，看着崭新的城墙与上城，感慨万千。李焘写了一首《登城东楼有怀》：“五色云呈考卜初，经营三纪竟何如。道旁谁定千年策，湖里空浮万顷余。纵目东楼天作画，乞灵西桂草为庐。聊将一堵兴闾里，先子成城意不虚。”
从此，河源县上城、下城并峙。上城为公署、仓库、监狱及义学肄业重地，下城则为学宫、万寿宫庆贺重地。
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