藏传佛教成为蒙古族普遍信仰的过程，如同其形成的过程一样，也是一个历经数百年、融合政治博弈、文化适应与社会变革的复杂历史。
13世纪蒙古帝国时期是蒙藏政治联盟的开端。1247年，窝阔台汗之子阔端代表蒙古帝国经略吐蕃（西藏）。为避免战争，他邀请萨迦派领袖萨迦班智达·贡噶坚赞（八思巴的叔父）到凉州（今甘肃武威）会盟，史称“凉州会盟”。萨迦班智达审时度势，代表西藏各派势力归顺蒙古，并写下《致蕃人书》，奠定了西藏归附蒙古的基础。这次会晤建立了蒙古皇室（尤其是窝阔台系）与萨迦派之间的特殊宗教政治联盟。藏传佛教首次进入蒙古上层视野，更多是作为一种政治智慧和统治工具被尊重。
萨迦班智达（1182—1251年），名贡噶坚赞，藏传佛教萨迦派第四代祖师，藏族史上著名的学者、诗人。
贡噶坚赞于藏历第三绕回水虎年出生在后藏（今日喀则市及周边地区）。自幼师从至尊扎巴坚赞学习并掌握了显密二宗精要。23岁去印度留学，拜卡却班禅为师，刻苦学习，精通了大小五明，获得“班智达”学位，成为西藏第一位班智达。藏历第四绕回木龙年，应元太祖成吉思汗之孙阔端的邀请携侄子卓贡帕巴（巴思巴）和恰那一起去凉州（今甘肃武威）会见阔端，商定了在西藏委任官员和摊派差役的办法，并两次给西藏僧俗官员写信召安，将西藏置于元朝管辖之下。
阔端与忽必烈之间的关系，可从以下方面进行阐述：
阔端是成吉思汗之孙、窝阔台之子，而忽必烈则是成吉思汗之曾孙、成吉思汗四子拖雷之子。
成吉思汗去世后由其长子窝阔台即位。第三代大汗是蒙哥是成吉思汗幼子拖雷的长子，早年因军事才能被窝阔台收为养子，并由昂灰皇后抚养。1232年拖雷去世后，蒙哥继承其封地，但未直接继承汗位。1246年贵由即位后，蒙哥被召回参与第二次西征，因战功和拔都的支持，在1251年忽里勒台大会中击败窝阔台系诸王，最终登基。忽必烈是拖雷四子，与蒙哥汗是同父同母兄弟。蒙哥汗（忽必烈长兄）继位后，忽必烈逐步掌握权力，最终成为蒙古帝国末代大汗，并于1271年建立元朝。
从家族谱系上来看，阔端与忽必烈是堂兄弟关系，他们拥有共同的祖父成吉思汗。这种血缘关系在蒙古帝国的政治格局中具有重要意义，尤其是在大汗位继承和权力分配方面。
元世祖忽必烈在争夺汗位和建立元朝的过程中，深刻认识到藏传佛教（尤其是萨迦派）在团结西藏、巩固统治方面的巨大价值。于是，他尊奉巴思巴（萨迦班智达的侄子）为国师，赋予其无上尊荣和巨大权力：统领天下释教、管理吐蕃。后来又称其为“帝帅”。
在忽必烈登基成为大蒙古国大汗之前，阔端与忽必烈在军事上有着紧密的合作。这种合作不仅增强了蒙古帝国的军事力量，也加深了两人之间的政治联系。在忽必烈登基后，阔端成为了蒙古帝国中极为重要的人物，拥有巨大的财富和势力，并在政治上享有极高的地位。此外，阔端还是忽必烈最信任的政治顾问之一，两人在政治和军事事务上保持着密切的沟通和协作。
在文化和宗教方面，阔端召见萨迦派高僧萨班，促成了西藏归附蒙古的历史事件。这一事件不仅加强了蒙古帝国对西藏的统治，也促进了藏传佛教在蒙古帝国境内的传播和发展。而忽必烈则更加深入地推行汉法，重用汉人，仿效汉制建立元朝，基本保留了宋朝的官员体制，对中原地区经济的恢复和政治的稳定具有积极作用。同时，他也对藏传佛教给予了支持和保护，使得藏传佛教在元朝时期得到了进一步的发展和繁荣。
按照目前全球包括当年西藏在内的政教合一政治模式，可以判断，当时藏传佛教进入蒙古高原的核心推动力首先在于政治需要，即蒙古统治者利用藏传佛教的“政教合一”理念神化（“转轮圣王”思想）神话“汗权”，确立统治西藏的合法性。在文化上，巴思巴创制蒙古新字（巴思巴文）成为满足蒙古帝国统一文字文化需要的工具。同时藏传佛教精密的哲学体系、复杂的仪轨和密法，对蒙古贵族产生了吸引力，满足了其精神层面的需求。因此，藏传佛教（萨迦派）在蒙古皇室和上层贵族中获得了极高的尊崇，成为“国教”。
虽然如此，这一时期藏传佛教的影响主要局限于统治阶层和都城附近。广大蒙古草原上的普通牧民，以及很多守旧的蒙古王公贵族（如西北诸王），仍然主要信奉萨满教（苯教），对藏传佛教的接受度有限。
元朝灭亡后，蒙古退回草原，藏传佛教影响式微。直到16世纪中叶，在土默特部首领俺答汗（阿拉坦汗）的推动下，藏传佛教（尤其是新兴的**格鲁派**）才真正在蒙古社会各阶层中广泛传播并扎下根来。
1578年，俺答汗为了巩固统治、统一蒙古各部、获得精神权威并发展与西藏的贸易，迫切需要一种强大的宗教力量。他邀请格鲁派领袖索南嘉措（后被追认为三世达赖喇嘛在青海湖畔的仰华寺举行历史性会晤，并互赠尊号。俺答汗尊奉索南嘉措为“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”（达赖喇嘛称号的正式开端），索南嘉措则赠俺答汗为“转千金法轮咱克喇瓦尔第彻辰汗”（意为“睿智的转轮王”），将俺答汗神格化。俺答汗颁布《十善福经法》，宣布废除萨满教的某些血祭习俗（如人殉、宰杀大量牲畜祭祀），以佛教教义作为法律和道德准则并大规模建寺。俺答汗在其统治中心库库和屯（今呼和浩特，意为“青色的城”）建立弘慈寺（大召），这是蒙古地区第一座格鲁派大寺，成为传播中心。还组织人力大规模翻译藏文佛经为蒙古文。
格鲁派成功的原因，其一在于强大的政治支持。俺答汗及其后继者（包括喀尔喀蒙古的土谢图汗、哲布尊丹巴系统，卫拉特蒙古的固始汗等）的强力推行是普及的关键。其二，格鲁派僧人（喇嘛）学习医术、占卜、历法、禳灾等，成功的取代了萨满教的社会功能，同时包容萨满元素。在仪式、法器（如敖包祭祀融入佛教元素）、神灵观念（将萨满神灵吸收为佛教护法神）上有所调和，降低了接受阻力。此外，寺院（“库伦”）bianbu，成为草原上的宗教、文化、经济（商贸）、医疗中心。游牧的“库伦”（移动的帐篷寺庙）能深入牧区，贴近牧民生活。格鲁派寺院组织严密，建立了系统的学经制度（如五部大论），培养了大量蒙古族喇嘛，成为传播的中坚力量。
最重要的是活佛转世体系。这一体系在蒙古地区广泛建立（如哲布尊丹巴、章嘉、咱雅班智达等），形成了本土化的宗教领袖网络，加强了与蒙古社会的联系，起到了精神慰藉作用，为经历战乱和社会变迁的蒙古民众提供了精神寄托。
藏传佛教在蒙古普及，总体上为自上而下的过程 王公贵族率先皈依，带动属民。大量寺院在蒙古草原上建立，成为社区核心。喇嘛数量激增，很多家庭会将次子送入寺院。
藏传佛教深刻影响了蒙古的语言（大量宗教词汇）、文学、艺术（唐卡、佛像、建筑）、医学（蒙医）、历法、习俗（如祭敖包、那达慕中的宗教仪式）等方方面面。佛教的伦理规范（如戒杀生、慈悲）逐渐融入蒙古社会的道德观念和日常生活。
到了清朝，统治者（尤其是康熙、乾隆）深知藏传佛教在蒙古的影响力，奉行“兴黄教以安众蒙古”的政策。大力扶持格鲁派，册封达赖、班禅以及蒙古地区的活佛。到18-19世纪，藏传佛教（格鲁派为主）已成为绝大多数蒙古族民众精神生活的核心。寺院不仅是宗教场所，也是教育中心（寺院教育几乎是唯一的教育形式）、医疗中心、文化中心和经济中心。佛教节日（如查玛舞法会、燃灯节）成为重要的社会活动。
因此，藏传佛教在蒙古族的普及，是政治权力、宗教策略、文化适应和社会需求相互作用、历经数百年才最终完成的深刻历史进程。它塑造了近现代蒙古族的文化精神和民族认同。即使在近现代经历冲击（如20世纪蒙古的宗教改革），其文化影响至今仍在蒙古族社会中根深蒂固。
