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南京北京路，自西向东，眺江望河，穿行山冈，鼓楼为界，一路灯火。江是长江，河是秦淮河，山河牵连，贯通古城。山冈虽然矮小却俊秀，从西往东，有古林冈、清凉山、石头城、五台山、马鞍山、黄泥冈、鸡鸣山、覆舟山或称九华山。山冈多寺庙，如古林寺、清凉寺、鸡鸣寺、玄奘寺等。如今，古林寺已无踪迹，清凉寺、鸡鸣寺、玄奘寺却仍有香火。因清凉寺距离北京路有点距离，且说鸡鸣山、九华山及其寺庵。
南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中。南朝之后，南京一度衰落沉寂。杨隋短暂，李唐时期渐次恢复。南唐李煜继承徐知诰李昪经营江南并无太多恶行而据说在清凉山曾有遗迹。赵宋南京，王安石在此盘桓，陆游主张在此建都，元文宗登基之前曾在南京有年，而朱元璋定都南京，收拾山河，南京寺庙获得发展机遇。朱明朝廷颁布政策，形成大寺管中寺、中寺管小寺“金字塔”结构。报恩寺、灵谷寺、天界寺三大刹和能仁寺、鸡鸣寺、栖霞寺、静海寺、弘觉寺五个次大刹一起，合称“南京八大寺”。
鸡鸣山又称鸡笼山、北极阁，山高不过60米。鸡鸣寺坐落鸡鸣山之上，药师佛塔有近50米高，鸡鸣寺东北边就是玄武湖或称后湖、台城，东边隔南京市委市府大院可望九华山，东南、正南可俯瞰袖珍玲珑之和平公园、东南大学四牌楼校区，西南与北极阁公园同在鸡鸣山比邻而居，再略加远眺则有鼓楼广场、大钟亭公园、鼓楼公园等。
《金陵梵刹志》就鸡鸣寺有如此描述：
入寺，曲廊迤逦，经数门至佛宇，皆从复道陟降而进，若行数里，旁有凭虚阁，俯视京城大内，直望郊坰，峰壑无极。登浮图北瞰玄武湖，西连祠庙台榭，皆隐隐于木末见之。”朱明计弘道在其《过后湖记》中也说：“峦岭偃蹇，盘伏于地，而松森其上者，覆舟山也；挺拔而凸出城头，殿阁参差，浮图耸空者，鸡鸣山也；山东西一带，列如悬榜者，世传台城也。”朱明吕律在《凭虚阁记略》中写道：“缘崖插壁，平临木杪，俯瞰山麓，空耸若寄太虚然。名之所起，意在兹乎？其南则凤台、牛首，其西则石城、长江，其东则大内、宫阙，其北则玄湖、钟阜，景未有若此之胜者也，而一览可以尽之。
鸡鸣山向有鸡笼云树、凭虚远眺、珍珠浪涌、鸡鸣春晓、雪松叠翠等景之说，北京东路与太平北路交接处之珍珠桥有珍珠浪涌说辞，颇为无稽。据说，鸡鸣寺址前身可上溯到孙吴时的栖玄寺，距今有1700多年，若从萧梁同泰寺说起，也有近1500年。葛寅亮所编《金陵梵刹志》有“鸡笼山鸡鸣寺”载：“鸡笼山与覆舟山、台城连接，晋永康间依山为室，始创道场，旧有寺五所。迄无遗址题识间存。国朝洪武二十年命崇山侯督工重创，改鸡鸣寺。”自洪武二十年至今，也有近640年春秋云烟。
《六朝事迹编类》载：“晋元帝、明帝、成帝、哀帝四陵，皆在（鸡笼山）山南。中有佛寺五所。”东晋皇陵选在鸡笼山南，并无异议，也多有考古发现。《南史》亦说：“宋文帝元嘉十五年，立儒学馆于鸡笼山，命雷次宗居之。明年，丹阳尹何尚之立玄素学，著作左郎何承天立史学，司徒参军谢玄立文学。各聚门徒，多就业者。江左之风，于斯美焉！”
所谓国立分科“大学”之说，盖源于此。南朝萧齐永明七年，范缜在鸡笼山竟陵王萧子良西邸，与萧子良、萧衍及僧侣们就“神灭论”与“神不灭论”展开辩论。“竟陵王子良尝移居鸡笼山下，集四方学士，抄五经百家为《四部要略》千卷。”萧梁同泰寺，相传是鸡鸣寺前身，梁武帝与达摩祖师论禅在此、梁武帝四次舍身同泰寺、梁武帝与郗徽的凄迷爱情，多在此演绎。《金陵梵刹志》《洪武京城图志》等并无鸡鸣寺前身为同泰寺记载。五代十国杨吴顺义二年，同泰寺旧址建台城千佛院。南唐称净居寺，建涵虚阁，后改为圆寂寺。至宋代又分其半置法宝寺。同泰寺旧址，自梁以后，历经隋唐宋元，虽“钟鼓香灯不乏声焰，而规模卑隘，未入丛林之列”。鸡鸣寺在东晋、宋、齐也曾是廷尉署，蒙元是刑场。
朱明开国，雄心勃勃，朱元璋将鸡笼山改名鸡鸣山，寺庙称作鸡鸣寺，三道寺门秘密关、观由所、出尘径的命名，都由朱元璋亲自确定。朱元璋亲临鸡笼山麓选址，建造国学，因其地在鸡笼山东坡之下，名不合旨意，于是改名“鸡鸣”，取“晨兴勤苦”之意。朱元璋还在鸡笼山及其周围兴建包括功臣庙在内的十座庙宇，延请中外高僧，大办佛事，慰藉鬼魂。
朱明之时的鸡鸣寺虽“居山阻城”，地不广阔，但在金陵众寺院中的地位却属于次大刹，入寺曲廊迤逦，复道陟降而进，经过几道门才到佛殿，仿佛行数里路，“旁有凭虚阁，俯视京城大内，直望郊坰，峰壑无极”。朱明宣德、成化年间，鸡鸣寺曾多次扩建，到弘治年间，历经百年的鸡鸣寺“殿堂渐圮”，南京兵部尚书张公蓥首倡修复，“都邑中高赀巨室，闻风而起，输财荐货，争先乐助”，“肇始于弘治戊申之春，落成于癸丑之夏，凡六阅寒暑，所费几数千百缗”。鸡鸣寺愈加崇丽，髹墁藻绘，轮奂一新。全寺占地基址100亩，东至国子监墙，南至功臣庙，西至古台城，北至“台城”脚，常住僧百余人，公田产4000余亩。寺院建筑依山取势，山门原有三道，寺内主要殿宇有：天王殿、千佛阁、正佛殿、五方殿等三重大殿和左观音殿、右轮藏殿、左伽蓝殿、右祖师殿等四座偏殿，五层志公塔、塔殿、凭虚阁、施食台等，此外还有钟楼一座、鼓楼、凉亭、方丈、禅堂、公学、僧院、十方堂、斋房、客务房、静室茶房、厨库房等附属建筑。
迨至满清，康熙、乾隆南巡，都曾上鸡鸣山，到鸡鸣寺，康熙曾题写“鸡鸣古迹”，乾隆帝又赐“古鸡鸣寺”匾额。咸丰年间，鸡鸣寺毁于兵火。同治年间重修，仅有房屋十余间。鸡鸣寺观音与众不同，为一尊倒坐观音菩萨像，佛龛有一楹联：“问菩萨为何倒坐；叹众生不肯回头。”光绪六年，寺僧在重建后的鸡鸣寺又建凭虚阁、观音楼。此后，鸡鸣寺又称为观音阁、观音楼。署理两江总督张之洞将殿后经堂改建为“豁蒙楼”，以纪念“戊戌变法”六君子之一的杨锐，以杜甫“忧来豁蒙蔽”意，取名“豁蒙楼”，他手书匾额，亲写跋文。楼有梁启超书写陆放翁句：“江山重复争供眼，风雨纵横乱入楼。”1914年，寺僧石寿、石霞又在豁蒙楼旁增建景阳楼，立“古胭脂井”碑。鸡鸣寺现保存有三块重要碑刻，分别是明弘治癸丑（1493）住持德瑛所立《重修鸡鸣禅寺记》、汪伪时期主持守慧撰文溥侗书写的《重修鸡鸣寺碑》、施食台后的1944年《鸡鸣寺半山永胜茶篷记》。
鸡鸣寺自古为比丘寺，自1958年改为尼众道场。鸡鸣寺周围百米之内，前有中国科学院南京分院、中国科学院南京地质古生物研究所，东有中共南京市委市政府等机关，西有江苏省气象台。王士祯曾作《登鸡鸣寺》：
鸡鸣山上鸡鸣寺，绀宇凌霞鸟路长。
古埭尚传齐武帝，风流空忆竟陵王。
白门柳色残秋雨，
下界消沉陵谷异，枫林十庙晚苍苍。
九华山东连富贵山，西邻鸡笼山，北依玄武湖，南对旧时的六朝皇家园林。周围约1700米，最高海拔60.8米。其山形，中部隆起较宽，两端渐低渐窄，颇似一艘倒扣木船，故此得名覆舟山。南朝刘宋之时，又以山在城北，得名玄武山。陈朝太建年间，再因湖上常有黑龙出现，得名龙舟山。民国及今，多称九华山。六朝之际，九华山因山水相偎，环境幽美，南临宫城，成为皇家园囿所在。孙吴凿有西池，东晋辟为药圃，刘宋建为范围甚广的乐游苑。乐游苑内亭台楼阁，雕梁画栋，称艳当年，六朝建康皇家园林之中，地位仅次于华林园。侯景之乱，乐游苑损毁殆尽，陈朝虽重加修葺，但规制已远非。九华山屏障宫城，有要塞之用。苏峻之乱、侯景之乱、杨隋灭陈，多先据九华山，再陷宫城。刘裕在九华山筑垒以拒卢循叛军，陈霸先屯兵九华山北、乐游苑东以断北齐军行冲要，大抵都发生在此。
九华山是钟山余脉西走入城第一山丘，北隔明城墙，毗邻玄武湖，山中有寺，山顶有塔，山畔有湖，山下是城。九华山因山南建有小九华寺，以寺名中“九华”二字得名。民初，九华山又称卢公山，后更名九华山至今。且说赵宋天圣五年(1027年)，建康天禧寺和尚可政在紫阁寺寻得玄奘顶骨，带回建康，埋于城南天禧寺。咸丰年间，天禧寺塔均毁于战火，玄奘灵骨下落不明。1942年初冬，日本侵略者在雨花台大报恩寺三藏塔遗址挖出供奉有玄奘大师顶骨舍利石函，记载玄奘顶骨舍利来南京安葬经过。灵骨由汪伪外交部长褚民谊接收后安置于九华山寺供奉。1944年覆舟山建玄奘塔，该塔仿西安大雁塔式样，为5级4面砖塔，南面门楣上刻有“玄奘塔”，底层须弥座上刻有“玄奘法师灵骨”，得名三藏塔。九华山山底，有以山名命隧道名的九华山隧道，穿越玄武湖到达新庄枢纽，是南京快速内环东线的重要通道。
六朝时期，覆舟山是皇家花园，称为乐游苑。乐游苑内，楼台亭阁，风光旖旎。据载，大科学家祖冲之与北魏人索驭麟比赛指南车，地点就在乐游苑内。祖冲之发明的水碓磨，也是在乐游苑内试制成功。覆舟山下还曾建有佛寺。青园寺为东晋末年兴建，刘宋时改名龙光寺。法轮寺为刘宋时兴建，齐东昏侯永元二年，西平将军崔慧景攻入乐游苑，屯兵法轮寺。覆舟山下也有墓地，《建康实录》载，晋永嘉六年，征南将军、荆州刺史山简死后，归葬于覆舟山之阳。
