福王朱常洵被李自成做成“福禄酒”后，农民军一路北上，攻入京城， 崇祯帝被迫自缢。朱常洵之子朱由崧一路南逃，直至南京才保住性命。彼时， 一些留守南京的明廷爱国将领决心拥立朱由崧为帝，以期挥师北上，恢复 国 土 。
1644年5月的一天，朱由崧于南京监国，正式称帝，国号仍为“明”, 次年改元弘光，史称“南明”。朱由崧即位后，追封祖母郑贵妃为孝宁太 皇太后，父福王朱常洵为孝皇帝，追封崇祯帝庙号为思宗。然而，朱由崧 称帝后并无恢复大明之意。
朱由崧自幼生活在帝王之家，生活奢靡。朱常洵被杀后，他依然未能 改变过往的生活作风，终日沉溺于酒色声乐之中。朱由崧在朱常洵在位时， 从未参与过政事，即位后，他不知如何理政，便将政务全权委托给大臣。 尤为可憎的是，朱由崧下令选淑女入宫，派大臣在南京城四处搜巷，但凡 被大臣看中的有女之家，都必须将女儿送入宫廷，致使城中百姓怨声载道。
1645年3月，崇祯帝太子朱慈娘抵达南京，本欲投奔朱由崧。朱由崧 唯恐皇位受到威胁，当即以“伪太子”之名，将朱慈娘逮捕入狱。原明廷 将领左良玉听闻此事后，以“救太子”为由，在武昌举兵，顺势向弘光政 权发起攻击，致使弘光政权陷入内讧。
次月，清军消灭李自成后，欲趁热打铁， 一举荡平弘光政权。清军多 铎连克归德、颍州、太和等地，兵锋直抵扬州。此时，左良玉以“救太子” 之名，从武昌进逼南京。眼见弘光政权岌岌可危，朱由崧急令扬州将领史 可法回援南京。彼时，史可法正与清军在扬州激战正酣，却又不得不奉皇 帝之命，挥师救驾。
史可法击败左良玉后，迅速返回扬州。然而，此时扬州已被清兵围困。 史可法向朱由崧求援，却未获任何回应，只能孤军奋战。清军围困扬州后，多铎先派人入城劝降史可法，接连派出五人，均被 史可法断然拒绝。
多铎恼羞成怒，下令强攻扬州城。彼时，扬州兵力匮乏，又有部分士 兵投降，城内守卫力量极为薄弱。史可法将全城军民召集起来，激励众人 同仇敌忾，坚决抵御清军入城，誓死捍卫城池。史可法亲自镇守至关重要 的西门，其余将士亦表示愿与他共赴生死，同仇敌忾。
多铎命清军轮番攻城，扬州军民奋勇作战，一次次将清军击退。然而， 多铎并不死心，清军前赴后继，誓要攻下扬州城。多铎狠下心来，命大炮 持续轰击史可法亲自防守的西门。城墙渐渐崩塌，西门被清军轰开缺口， 扬州城终告陷落，史可法壮烈殉国。
扬州保卫战中，清军虽获胜利，却也是残胜。多铎恼羞成怒，对扬州 百姓展开了灭绝人性的大屠杀，此暴行延续了十日之久，史称“扬州十日”。
大屠杀之后，史可法的养子史德威进城寻找其遗体，然而尸体众多且 天气炎热，尸体早已腐烂，难以辨认。无奈之下，史德威只得将史可法生 前的衣物和用过物品，埋葬在扬州城外的梅花岭上，此举便是著名的“衣 冠墓”。
清军在攻打农民军及南明军时，采取穷追不舍的策略，不给敌人任何 喘息之机，力求将其彻底消灭。清兵占领扬州后，继续向南推进。在南下 攻打南明的途中，颁布了剃发令，强制百姓改从清人的习俗，要求一律剃 去前半部头发，仅留下一条辫子，违抗者将被处死，由此强行推行了“留 头不留发，留发不留头”的规矩。
清军的这一规定激起了江南百姓的激烈反抗。在阎应元的领导下，江 南军民顶住了二十多万清兵的重重包围，坚守了八十多天。城内男女老少 无一投降，致使清军死伤惨重。
在江南遭遇挫折后，清军不断加大对弘光政权的军事打击力度。与此 同时，向南方汇聚的清军数量也日益增多。当途经嘉定之时，嘉定军民团 结一致，坚决抵抗清军入侵，坚持了三个月的抗清斗争，最终还是以失败 告终。清军先后三次对嘉定进行屠城，致使两万多老百姓牺牲，这一惨案在历史上被称为“嘉定三屠”。
嘉定被攻陷后，清军又相继攻陷镇江，直逼南京。朱由崧自幼生活在 帝王之家，面对变故却惊慌失措，只有悄然从南京出逃。朱由崧一逃，南 京城内的大臣们顿时陷入混乱，纷纷不知所措，最终选择投降清军，弘光 政权也因此彻底覆灭。郑芝龙投降后，清军愈发嚣张，兵分两路大举攻击隆武帝，致使隆武 帝兵败被杀，隆武大臣杨廷麟、万元吉皆自杀，隆武政权彻底覆灭。
